正置显微镜是物镜的镜头向下的，物镜的镜头下是显微镜载物台，被观察物放置在载物台上并且处于物镜下端，这种结构决定了被观察物的厚度不能过厚，一般在2CM以内，超过2CM的话被观察物可能无法放置到载物台同物镜之间，或是超出焦距范围，无法聚焦成像，此种情况下就可采用倒置显微镜，倒置显微镜物镜处于载物台下端。倒置显微镜的物镜是向上的，载物台在物镜上方，当观察活体细胞时适合用这种显微镜，因为正置显微镜的工作距离很短，观察培养皿里面的活体细胞根本没办法观察。
正置显微镜的使用方法：
（一）取镜和安放
1、右手握住镜臂，左手托住镜座。
2、把显微镜放在实验台上，略偏左（显微镜放在距实验台边缘7厘米左右处）。安装好目镜和物镜。
（二）对光
1、转动转换器，使低倍物镜对准通光孔(物镜的前端与载物台要保持2厘米的距离)。
2、把一个较大的光圈对准通光孔。左眼注视目镜内(右眼睁开，便于以后同时画图)。转动反光镜，使光线通过通光孔反射到镜筒内。通过目镜，可以看到白亮的视野。
（三）观察
1、把所要观察的玻片标本（也可以用印有“6”字的薄纸片制成）放在载物台上，用压片夹压住，标本要正对通光孔的中心。
2、转动粗准焦螺旋，使镜筒缓缓下降，直到物镜接近玻片标本为止（眼睛看着物镜，以免物镜碰到玻片标本）。
3、左眼向目镜内看，同时反方向转动粗准焦螺旋，使镜筒缓缓上升，直到看清物像为止。再略微转动细准焦螺旋，使看到的物像更加清晰。
4、高倍物镜的使用：使用高倍物镜之前，必须先用低倍物镜找到观察的物象，并调到视野的正中央，然后转动转换器再换高倍镜。换用高倍镜后，视野内亮度变暗，因此一般选用较大的光圈并使用反光镜的凹面，然后调节细准焦螺旋。观看的物体数目变少，但是体积变大。
（四）整理
实验完毕，把显微镜的外表擦拭干净。转动转换器，把两个物镜偏到两旁，并将镜筒缓缓下降到低处，反光镜竖直放置。后把显微镜放进镜箱里，送回原处。
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