共聚焦显微镜的共聚焦成像能有效抑制焦平面外的杂散光和非测量光进入探测器，实现单一焦层面成像，使分辨率大为提高。载物台沿横向均匀移动时，可形成清晰的单层图像，沿纵向移动，可实现样品不同深度的逐层扫描，经过三维重建得到样品的三维立体结构，即所谓的“光学CT”。因为，光通过滤镜的数目减少，其光学穿透有效率更高，影像更为鲜明，解析更高。
共聚焦显微镜主要组成包括：显微镜、激光光源、扫描装置、检测器、计算机系统(包括数据采集，处理，转换，应用软件)、图像输出设备、光学装置和共聚焦系统。
激光器：随着激光技术的飞速发展，共聚焦显微镜可以根据研究需要选择不同的激光器。
照明针孔：照明针孔与探测针孔相对于物镜焦平面是共轭的。激光经照明针孔形成点光源，相干性好，频率、振动方向、相位高度一致。
光束分离器：从样晶上反射和散射的光与荧光束混合在一起，所以需要用光束分离器将激发和释放光束分开。
物镜：选大数值孔径平场复消色差物镜为好，有利于荧光的采集以获得更清晰的成像。
焦平面：激光点光源照射标本，在焦平面处聚焦，激发荧光标记的样本发射荧光，形成焦点光斑。该光斑经过物镜、光束分离器等一系列装置的处理，分别在照明针孔及探测器针孔两处聚焦，共聚焦的含义由此而来。
探测器针孔：起到空间滤波器的作用。大限度地阻碍非聚焦平面散射光和聚焦平面上非焦点斑以外的散射光，以保证探测器针孔所接受到的荧光信号全部来自于样品光斑焦点位置，因此样品上衍射聚集光斑和探测器针孔成像光斑包含相同信息。
探测器：用光灵敏度*、响应速度极快的电倍增管(PMT)检测激发荧光，转变为电信号传输至计算机，从而得到细胞或组织内部微细结构的荧光图像。
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