数码显微镜进行创新教育，培养学生创造性思维，并引导学生进行研究性学习是目前教学的趋势，这也是目前新课程教材增加了许多研究性实验的原因。但是由于普通显微镜使用的特殊性和个体性，传统的镜下观察使学生很难得到教师的有效指导，随着数码显微镜和数码互动教室的引入和应用，使传统的由教师个别地手把手地教学生用显微镜进行微观形态观察的教学方法，变为师生互动的、图像共享的、率的教学体系。
老师和学生在操作数码显微镜的时候需要注意哪些呢？
一，在观察中将聚光镜或视场光栏开得过大或过小，或者将位置调整得过高或过低，都不能得到很好的分辨率和锐利度较佳的视场图像。
二，40或者100倍镜头的工作距离通常都非常短，如果操作不当也有可能损伤高倍镜。比如有操作者用完100X油镜头时不擦干净或不擦，这些都是不好的使用习惯。
三，初学者对其基本的原理和构造了解甚少，粗暴的造作也会是显微镜易损的致命伤。如：经常搬动，取放时用力过猛，调焦时用力升降调焦系统，不能正确的调节焦距和瞳孔距等等。
四，将数码显微镜放置在实验室的出水口或窗户边，不论潮湿和灰尘都是显微镜的杀手，因此放置的方式和地方选择的不对，都会极大的缩短数码显微镜使用寿命。
五，实际使用中，在转换物镜时，经常有操作者直接转动物镜镜头，殊不知此操作会影响光轴的同轴和齐焦。正确使用方法是应转动物镜转换器，得到想要的观察物镜。
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